1、介质不同
超声波流量计的流量测量准确度几乎不受被测流体温度、压力、粘度、密度等参数的影响，又可制成非接触及便携式测量仪表，故可解决其它类型仪表所难以测量的强腐蚀性、非导电性、放射性及易燃易爆介质的流量测量问题。
电磁流量计不能测量导电率很低的液体，如石油制品和有机溶剂等。通用型电磁流量计由于衬里材料限制，不能测量温度较高液体。电磁流量计是通过测量导电液体的速度确定工作状态下的体积流量。按照计量要求，对于液态介质，应测量质量流量，测量介质流量应涉及到流体的密度，不同流体介质具有不同的密度，而且随温度变化。如果电磁流量计转换器不考虑流体密度，仅给出常温状态下的体积流量是不合适的。
2、准确度不同
超声波流量计是通过测量流体速度来确定体积流量，对液体应该测量它的质量流量，仪表测量质量流量是通过体积流量乘以人为设定的密度后得到的，当流体温度变化时，流体密度是变化的，人为设定密度值，不能保证质量流量的准确度。只能在测量流体速度的同时，又测量了流体密度，才能通过运算，得到真实质量流量值。
超声波流量计和电磁流量计的测量媒介不同，超声波是采用声波，频率很低，超声波频率20KHz-100KHz，雷达是采用2.4GHz级别的电磁波，超声波的限制性比较大，很容易受到其它铁制物体的干扰，另外频率低，衰减大，测量范围小，应用的面比较窄，常用在大口径的水管线的流量测量和明渠类流量计测液位来换算成流量。也有用在固体料仓上的。电磁的频率高，衰减小，如果加上导波管测量范围可以很大，用在储罐上比较多。但是需要注意介电常数，介电常数太小的介质没法测或测量范围很小。
3、安装、维护、检定成本不同
超声波流量计适用于大型圆形管道和矩形管道，且原理上不受管径限制，其造价基本上与管径无关。对于大型管道不仅带来方便，可认为在无法实现实流校验的情况下是优先考虑的选择方案。超声流量计可作非接触测量。夹装式换能器超声流量计可无需停流截管安装，只要在既设管道外部安装换能器即可。这是超声流量计在工业用流量仪表中具有的独特优点，因此可作移动性(即非定点固定安装)测量，适用于管网流动状况评估测定超声流量计为无流动阻挠测量，无额外压力损失。
电磁流量计的安装与调试比较严格。变送器和转换器必须配套使用，两者之间不能用两种不同型号的仪表配用。在安装变送器时，从安装地点的选择到具体的安装调试，必须严格按照产品说明书要求进行。安装地点不能有振动，不能有强磁场。在安装时必须使变送器和管道有良好的接触及良好的接地。变送器的电位与被测流体等电位。在使用时，必须排尽测量管中存留的气体，否则会造成较大的测量误差。电磁流量计需要在有电导率的液体条件下安装，而且一般电磁流量计的安装必须截管安装，但是电磁流量计的特点是在符合条件的现场条件下准确度高。电磁流量计拆卸麻烦，必须要求工艺停车，拆卸送检麻烦，如果是0.5%准确度按国家计量检定规程每半年需检定一次。
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